É missão da EAMCN qualificar os alunos através de uma sólida formação nas suas múltiplas vertentes, humanística, científica, histórica, ética, ecológica, estética, artística e musical, capacitando-os para uma opção profissional como músicos, sendo que no cumprimento dessa sua Missão, a EAMCN rege-se por princípios e valores que norteiam toda a sua ação educativa. Assim, logo na sua génese, está presente um ideal de democraticidade e igualdade no acesso ao ensino especializado de Música, o qual contempla uma dimensão interna que promove os valores de cidadania e participação de toda a comunidade escolar na vida da instituição, enquanto tem em si subjacentes os valores de responsabilidade e integridade.

Por outro lado, o vasto e valioso historial do Conservatório, por onde passaram boa parte das figuras tutelares da vida musical portuguesa dos séculos XIX e XX, remete para os valores de excelência e exigência, apanágio histórico da tradição e da herança desta instituição. Trata- se assim de um valor estruturante da vida e do prestígio que esta escola alcançou ao longo do seu historial e que urge assegurar como sua marca distintiva, na promoção da excelência e da qualidade da formação ministrada. Mas como não há história e tradição sem mudança e evolução, a estes estão ainda ligados os valores da curiosidade, da reflexão e da inovação, dos quais interdependem.

Espaço de liberdade e de criatividade, no Conservatório desenvolveram a sua atividade nomes maiores da vanguarda musical portuguesa, devendo o valor da liberdade continuar a informar a vida escolar, numa abertura permanente à novidade e à experimentação. Toda esta herança confere à EAMCN uma dupla responsabilidade: por um lado, na gestão do legado histórico e musical, e, por outro, na preservação do património, imobiliário e mobiliário, pertença da instituição. E, subjacentes ou decorrentes destes, outros valores como a tolerância, a transparência, a solidariedade, e o apartidarismo presidem ao percurso desta instituição, sendo contemplados e enquadrados pela legislação de referência, em especial pela Constituição da República e pela Lei de Bases do Sistema Educativo.